Die Bakterien benötigen ihn zum Abbau der toten Algen. Fehlt der Sauerstoff, verfaulen die Algen und es entstehen giftige Gase (es stinkt nach faulen Eiern).

Das Seejahr beginnt nach den Winterstürmen und der Kälte mit sauerstoffgesättigtem Wasser. Während des Sommers bleibt das warme, leichtere und sauerstoffreiche Wasser an der Oberfläche. In den tieferen Schichten dagegen wird der Sauerstoff langsam aufgezehrt. Aus physikalischen Gründen ist ein Nachschub von der Seeoberfläche her nicht möglich. Die Sauerstoffkonzentration nimmt ständig ab. Dies umso schneller, je mehr Algen abgebaut werden müssen.

Im Frühling sind alle drei Seen sauerstoffgesättigt. Dann entwickeln sie sich aber unterschiedlich. Im Murtensee, mit seiner grossen Algenproduktion, nimmt der Sauerstoff schon ab Mai rasch ab.
Ab Juli ist er über Grund vollständig aufgebraucht. Der Neuenburgersee, mit seiner mächtigen Wassermasse, kennt solche kritischen Situationen nicht. Während des Jahres pendelt die Sauerstoffkonzentration auch in 150 m Tiefe um 10 mg/l. Damit ist die gesetzliche Anforderung, 4 mg/l nie zu unterschreiten, ständig erfüllt.